论文查重系统通常支持的文件格式包括doc、docx、pdf等常见格式。其中，pdf格式是最常用的文件格式之一，具有固定格式、易于传播和阅读的特点，适合用于查重。另外，doc和docx格式也被广泛支持，但在转换过程中可能会出现格式错乱的情况，影响查重结果的准确性。

在选择最合适的文件格式进行查重时，建议优先选择pdf格式，确保文档内容和格式的完整性。如果原始文档是doc或docx格式，可以先将其转换为pdf格式再进行查重，以避免格式转换带来的影响。此外，还应注意查重系统对各种格式的支持情况，选择系统能够良好识别和处理的文件格式，以确保查重结果的准确性和可靠性。